QUAlu,
UN NUEVO MÉTODO PARA DETECTAR CAMBIOS EPIGENÉTICOS GLOBALES EN MUESTRAS
CLÍNICAS
La epigenética estudia los cambios funcionales
y estructurales del genoma que no se encuentran en la secuencia del ADN.
Mecanismos epigenéticos como la metilación y modificaciones
post-transcripcionales de las colas de las histonas, colaboran en el
establecimiento y mantenimiento de la estructura de la cromatina, y
alteraciones en estos mecanismos, junto con otras alteraciones genéticas,
conllevan al desarrollo de cáncer.
La metilación consiste en la adición
covalente de un grupo metilo a la citosina del dinucleótido CpG, y un incremento
en CpGs metiladas (hipermetilación) está asociada a represión génica (por
ejemplo, la represión de genes supresores de tumores), por ello es la
alteración más descrita en tumores.
La pérdida de metilación o hipometilación fue descrita
como una característica típica de genomas tumorales, ya que provoca la
activación de oncogenes y de secuencias repetitivas que aumentan la
inestabilidad cromosómica. Por este motivo, la hipometilación del ADN ha
atraído un gran interés como marcador diagnóstico, pronóstico o incluso de
riesgo a padecer cáncer. Se han diseñado técnicas cuyo objetivo es dar una
medida cuantitativa del nivel de metilación global del genoma, no siendo éstas
puestas en la práctica clínica debido a que presenta problemas técnicos y económicos. Actualmente se ha diseñado una técnica como medida
de metilación global solventando estos problemas, llamada QUAlu (Quantification of Unmethylated Alu) que
estima el porcentaje de secuencias Alu no metiladas en una muestra.
Estas secuencias Alu presentan ciertas
características que las hacen apropiadas como indicadores de hipometilación
global, puesto que son los elementos repetitivos más abundantes del genoma
humano, conteniendo más del 25% de los dinucleótidos CpG del genoma, y que
además se encuentran altamente metiladas en los tejidos somáticos.
QUAlu
consiste en la digestión del ADN genómico con un par de isoesquizómeros (Hpa II/Msp I)
con sensibilidad diferencial por la metilación, cuya diana (C/CGG) contiene el
dinucleótido CpG susceptible de ser investigado y está presente de manera
significativa en las secuencias Alu (32.3%). Los fragmentos de restricción
resultantes son ligados a un adaptador y cuantificados mediante PCR
cuantitativa. QUAlu es 100 veces más sensible que otras técnicas que miden
hipometilación, siendo capaz de obtener determinaciones precisas de la metilación
global con sólo 300 pg de ADN a un bajo coste (~ 5€ por muestra) y a gran
rapidez (~ 5 horas).
La aplicabilidad de QUAlu fue demostrada
mediante un ensayo piloto en el que se utilizaron diferentes tipos de muestras
patológicas y se obtuvo el porcentaje de hipometilación de tejidos normales y
tumorales de diferente origen. Los resultados revelaron una gran homogeneidad
en los niveles de metilación de los tejidos normales tanto entre tejidos como
entre individuos, mientras que por el contrario, la metilación global de las
secuencias Alu es altamente variable entre los diferentes tipos tumorales, así
como entre los diferentes pacientes analizados.
Enlace del artículo original: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=QUAlu&cmd=correctspelling
By Mª Inés
Barrena Gragera
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